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    设立军政司，代替明朝兵部下面的武选清吏司职方清吏司，如同现代的总政，负责武将选用任免，委任任馔为司长。

    后勤司，由兵部尚书兼任，主要负责各个兵工作坊管理，负责后勤粮食补给等工作。

    情报司，代替明朝的东厂西厂，如同现代的国家安全总局，秦翼民为司长，负责情报工作。

    设立独立的政务司，代替明朝的司礼监，如同当代书记处下面的秘书处，顾炎武为司长，王夫之等人为参事，襄助处理政务。

    设立独立的总务司，代替明朝神宫监、印绶监，如同现代的办公厅主任，负责前殿事务、印绶保管与往来奏折诏令传递，任命张琅为总务司正司长。

    设立独立的侍从司，职责与兵仗局、御用监，负责宫廷侍卫、出行警戒，牛大勇、马万年分任侍从司正副司长，如同现代的中央警卫团。

    设立独立的设立内务司，如明朝内宫监、内宫监等，负责后宫事务，协助皇后管理宫廷事务，任命永历帝的司礼监秉笔太监庞天寿为副司长。（本来准备完全废除太监制度，宫内选用健妇作为杂役，但众人多番劝诫，有的更拿宋朝为例，在宋朝宫中也就3，4百个太监，更无太监擅权的事情发生。）

    若像太平天国那样宫中完全充作健妇，自己成为万花从中一点绿，也不甚好。

    如此思虑再三，决定暂时保留太监制度，只不过太监人数大幅度削减，例如侍从皇帝太监降为50人，侍从皇后太监降为10人，侍从嫔妃皇子太监降为六人）。

    通过建立枢密院与独立的政务司、内务司、总务司等衙署，在皇权方面实现军政分离，避免未来出现权臣影响皇权。

    除此之外，由于太监只负责内务司有关工作，政务司、总务司等工作完全由朝中大臣担任，这样也杜绝历朝历代的太监之祸。

    在决定内朝之后，外朝就非常简单了，那就是废除明朝内阁制，恢复历朝历代丞相制。

    设立丞相府，如同现代的国务院，以吴兆元为左丞相，正一品，殷承榨为右丞相，从一品，袁彭年、杨畏知为正四品丞相府参议。

    命为任赵荣贵为兵部尚书

    范邝为财部尚书

    陶汝鼐吏部尚书

    欧阳直为礼部尚书

    宋士慧为工部尚书

    周堪赓为民部尚书，

    陈怀西为交通部尚书
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